晴朗时节，江户川柯南（高山南 配音）和毛利小五郎（小山力也 配音）、小兰（山崎和佳奈 配音）以及少年侦探团的伙伴们一同来到京都，他们即将登上自卫队的宙斯盾战舰，体验一把出海作战的感觉，期间还结识了美丽又有着几分神秘的女自卫队员藤井七海（柴咲幸 配音）。谁知快乐的氛围很快被恐慌所替代，战舰上突然发现一条断掉的手臂，消失的自卫队员又引起军方的恐慌与猜测。原来某国神秘间谍X已悄悄登上宙斯盾，伺机盗取战舰上的绝密情报。
为了找出隐藏的对手，柯南和灰原哀（林原惠美 配音）、阿笠博士（绪方贤一 配音）、服部平次（堀川亮 配音）以及远山和叶（宫村优子 配音）通力合作，与间谍展开连番斗智斗勇的较量……
日本日本动漫
三瓶由布子,菊池心,木岛隆一,小野贤章,阿部敦,早见沙织
植田佳奈,伊藤美纪,伊藤静,能登麻美子,池泽春菜,清水香里,钉宫理惠,佐藤利奈,斋藤千和,桧山修之,市来光弘,小林优,浅野真澄,谷井明日香,伊丸冈笃,泽田敏子
神谷浩史,井上和彦,佐藤利奈 Rina Satou,石田彰 Akira Ishida,诹访部顺一 Junichi Suwabe,堀江一真 Kazuma Horie
中本顺久,森岛秀太,樱井透,中野さいま,岛本须美 Sumi Shimamoto
日本日本动漫
评论